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DNA的树状层级与Holliday junctions的分布

统计力学 2016-06-08 v1

摘要

我们将DNA定义为 ±1\pm 1 的序列并将其嵌入Cayley树的路径上。利用Cayley树的分组表示,我们给出可数DNA集合的层级结构,每个DNA“存活”于同一Cayley树上。该层级具有如下性质:Cayley树的每个顶点仅属于其中一个DNA。然后我们通过类比具有三个自旋值(视为DNA碱基对)的Ising model在 admissible configurations 集合上给出该DNA集合的模型(能量、Hamiltonian)。为研究DNA模型的热力学性质,我们描述了该模型在二阶Cayley树上的相应平移不变Gibbs measures (TIGM)。我们证明存在临界温度 TcT_{\rm c} 使得 (i) 若温度 T>TcT>T_{\rm c} 则存在唯一TIGM;(ii) 若 T=TcT=T_{\rm c} 则有两个TIGM;(iii) 若 T<TcT<T_{\rm c} 则有三个TIGM。每个这样的测度描述了DNA集合的一个相。我们利用这些结果研究Holliday junctions和DNA分支的分布。在极高和极低温度情况下,我们给出Holliday junctions的平稳分布和典型构型。

关键词

引用

@article{arxiv.1606.02061,
  title  = {Tree-hierarchy of DNA and distribution of Holliday junctions},
  author = {U. A. Rozikov},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1606.02061},
  year   = {2016}
}

备注

16 pages, 6 figures