用最小模型研究DNA Holliday连接体的自组装
软凝聚态物质
2009-10-07 v2 统计力学
生物大分子
摘要
在本文中，我们探讨了使用粗粒化模型模拟DNA纳米结构自组装的可行性。我们引入了一个简单的DNA模型，其中每个核苷酸由两个相互作用位点表示，分别对应磷酸-糖骨架和碱基。使用该模型，我们能够模拟从单链DNA自组装成DNA双链体和Holliday连接体的过程。我们发现，在目标结构熔点以下和错配聚集体熔点以上的温度窗口内，组装最为成功。此外，对于Holliday连接体，我们展示了分层组装机制如何减少陷入错配构型的可能性。该模型还能准确再现不同结构的相对熔点，并允许链置换发生。
引用
@article{arxiv.0807.3280,
title = {The self-assembly of DNA Holliday junctions studied with a minimal model},
author = {Thomas E. Ouldridge and Iain G. Johnston and Ard A. Louis and Jonathan P. K. Doye},
journal= {arXiv preprint arXiv:0807.3280},
year = {2009}
}
备注
13 pages, 14 figures