用于研究DNA砖自组装中组装路径的多尺度粗粒化
软凝聚态物质
2018-04-09 v2
摘要
受近期利用单链DNA砖块制备复杂结构成功的启发，我们开发了一种两步粗粒化方法，该方法利用基于核苷酸的DNA模型oxDNA进行细致的热力学计算，来参数化一个更粗的动力学模型，从而能够达到研究这些结构组装机制所需的时间和长度尺度。我们通过详细研究一个由334条独特链组成、每条链长42个核苷酸的二维目标结构的组装路径来检验该模型。在无可调参数的情况下，模型再现了组装形成的临界温度，该温度接近实验中组装首次发生的温度。此外，该模型使我们能够详细探究单个目标结构组装的成核势垒和临界核形状分布。组装中间体是致密且高度连接的(虽非最大连接)，经典成核理论在接近组装首次发生的温度下对成核势垒的高度和形状给出了良好拟合。
引用
@article{arxiv.1712.02161,
title = {Multi-scale coarse-graining for the study of assembly pathways in DNA-brick self assembly},
author = {Pedro Fonseca and Flavio Romano and John S. Schreck and Thomas E. Ouldridge and Jonathan P. K. Doye and Ard A. Louis},
journal= {arXiv preprint arXiv:1712.02161},
year = {2018}
}