具有每个核苷酸三个位点的 DNA 模型的热与机械变性特性
生物物理
2011-08-30 v1 生物大分子
摘要
在本文中，我们展示了最近由 Knotts、Rathore、Schwartz 和 de Pablo (J. Chem. Phys. 126, 084901 (2007)) 提出的 DNA 粗粒化模型，可以通过微调碱基配对贡献， adapted 以描述长 DNA 序列的热变性和机械变性。调整后的模型导致：(i) 长均质序列的临界温度与实验值及统计模型获得的值非常吻合；(ii) 长非均质序列具有现实的阶梯状变性行为；(iii) 环境温度下的临界力约为 10 pN，接近测量值。此外，调整后的模型支持以下结论：长均质序列的热变性对应于一级相变，并得出临界力的临界指数为 sigma=0.70。该模型在几何和能量上均具有现实性，意味着螺旋结构和大多数蛋白质结合的大沟/小沟得到了令人满意的再现，同时破坏碱基对所需的能量和力也在预期范围内。因此，它代表了一种以前所未有的细节水平研究 DNA-蛋白质特异性相互作用动力学的有前景的工具。
引用
@article{arxiv.1108.5390,
title = {Thermal and mechanical denaturation properties of a DNA model with three sites per nucleotide},
author = {Ana-Maria Florescu and Marc Joyeux},
journal= {arXiv preprint arXiv:1108.5390},
year = {2011}
}