DNA 纳米技术模拟的 DNA 粗粒化
生物大分子
2017-09-13 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
为了模拟涉及 DNA 的长时间和长度尺度过程，必须使用粗粒化描述。在此，我们概述了此类粗粒化的不同方法，重点关注允许研究与 DNA 纳米技术相关的自组装过程的核苷酸水平方法。我们最近开发的粗粒化 DNA 模型 OxDNA 特别适合此项任务，并已开放该领域供模拟进行系统研究。我们展示了该模型所应用的各种 DNA 纳米技术系统，以及它能提供的关于 DNA 基本生物物理特性的见解。
引用
@article{arxiv.1308.3843,
title = {Coarse-graining DNA for simulations of DNA nanotechnology},
author = {Jonathan P. K. Doye and Thomas E. Ouldridge and Ard A. Louis and Flavio Romano and Petr Sulc and Christian Matek and Benedict E. K. Snodin and Lorenzo Rovigatti and John S. Schreck and Ryan M. Harrison and William P. J. Smith},
journal= {arXiv preprint arXiv:1308.3843},
year = {2017}
}
备注
20 pages, 9 figures