RNA 的核苷酸级粗粒化模型

我们提出了一种新的 RNA 核苷酸级模型 oxRNA，该模型基于最近为 DNA 的 oxDNA 模型开发的粗粒化方法。该模型旨在重现 RNA 的结构、力学和热力学性质，其粗粒化水平旨在保留 RNA 杂交以及单链和双链 RNA 结构的相关物理特性。为了探索其优缺点，我们在一系列纳米技术和生物环境中测试了该模型。探索的应用包括假结的折叠热力学、吻环复合物的形成、六边形 RNA 纳米环的结构以及发夹 motifs 的解链。我们认为该模型可用于高效模拟具有数千个碱基对的系统结构，以及多达数百个碱基对的系统组装。实现该模型的源代码已公开发布。