DNA-RNA 杂合体的粗粒化建模
软凝聚态物质
2024-03-19 v1 生物物理
生物大分子
摘要
我们引入 oxNA，一种基于两个先前开发的粗粒化模型——oxDNA 和 oxRNA——的用于模拟 DNA-RNA 杂合体的新模型。该模型自然再现了杂合双链的物理性质，包括其结构、持久长度和力-伸长特性。通过参数化 DNA-RNA 氢键相互作用，我们使用平均序列和序列依赖参数将模型的热力学性质拟合到实验数据。为展示模型的适用性，我们提供三个使用实例——计算杂合链置换反应的自由能形貌、研究短 R-loop 的解析以及模拟 RNA 支架线框折纸。
引用
@article{arxiv.2311.07709,
title = {Coarse-grained modelling of DNA-RNA hybrids},
author = {Eryk J. Ratajczyk and Petr Šulc and Andrew J. Turberfield and Jonathan P. K. Doye and Ard A. Louis},
journal= {arXiv preprint arXiv:2311.07709},
year = {2024}
}
备注
15 pages, 10 figures