高密度寡核苷酸微阵列中 RNA/DNA 杂交的热力学
生物大分子
2007-05-23 v2 统计力学
化学物理
摘要
我们利用简单的杂交过程物理模型，分析了一系列公开的 Affymetrix 高密度寡核苷酸微阵列受控实验（拉丁方阵）。针对每个基因，我们绘制了完全匹配与错配探针的溶液中共价 RNA/DNA 双链杂交自由能对应的信号强度图。若考虑因溶液中靶标-靶标杂交导致的有效靶标浓度下降，两者均趋于贴合一条单一主曲线，与 Langmuir 吸附理论相当吻合。我们以探针集 1091_at 为例给出了偏离预期热力学行为的情形，其源于注释问题，即因阵列设计时所依据的公共数据库存在错误，表面结合探针并非靶标 RNA 序列的精确互补。我们表明，采用 RNA/DNA 自由能对实验数据参数化，相较既往研究提升了拟合质量并增强了拟合参数的稳定性。
引用
@article{arxiv.q-bio/0411011,
title = {Thermodynamics of RNA/DNA hybridization in high density oligonucleotide microarrays},
author = {Enrico Carlon and Thomas Heim},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0411011},
year = {2007}
}
备注
11 pages, 16 figures - final version as published