寡核苷酸阵列的准确度和精密度研究：在高浓度下提取更多信号

尽管寡核苷酸阵列作为测量mRNA表达水平的高通量技术取得了成功并广受欢迎，但定量校准研究至今仍然有限。主要原因是缺乏合适的数据。然而，Affymetrix最近产生的校准数据现在允许对强度依赖性灵敏度进行详细研究。给定特定的转录本浓度，特别感兴趣的是当前的分析方法是否能够检测到2倍或更高的差异表达比率。使用校准数据，我们证明虽然当前技术能够检测低到中等浓度范围内的变化，但在高浓度下情况明显更糟。在该范围内，高达4倍的变化被严重偏置，而2倍的变化通常无法检测。这种效应主要是探针序列特异性结合特性的结果，而不是荧光测量中光学饱和的结果。GeneChip的制造方式使得每个转录本都由一组具有广泛亲和力范围的序列进行探测。我们表明，可以利用这一特性来设计一种能够减少高强度偏置的方法。我们方法背后的想法是将测量的权重转移到在给定浓度下具有最佳线性响应的探针子集，这可以通过使用局部嵌入技术来实现。