Genechip 寡核苷酸微阵列中的幂律特征与斑块性

Genechip 寡核苷酸微阵列已广泛用于特定范式下大量基因的转录谱分析。基因表达估计先于生物学推断，其结果是阵列上称为探针的原子实体的复杂组合。这些探针强度进一步被分类为完全匹配（PM）探针和错配（MM）探针。前者衡量特异性结合，后者衡量非特异性结合。MM 探针的行为尤其难以捉摸。本研究调查了 PM 和 MM 探针强度在分布特征和局部相关结构/斑块性方面的定性相似性。这些定性相似性是在不同实验室针对同一范式生成的公开可用微阵列数据上建立的。研究还调查了这些相似性在原始探针强度以及背景扣除后的探针强度中的持续性。所呈现的结果引发了对解释 Genechip 寡核苷酸微阵列数据的基本担忧。