关于“破解亮错配之谜：寡核苷酸阵列中的标记与有效结合”的评论
生物大分子
2007-05-23 v1 软凝聚态物质
化学物理
摘要
在最近的一篇论文[Phys. Rev. E 68, 011906 (2003)]中，Naef和Magnasco提出，在Affymetrix微阵列实验中观察到的“亮”错配是由用于标记RNA靶序列的荧光分子引起的，这些分子会阻碍靶标-探针杂交。他们的结论基于对通过拟合公开实验的微阵列数据所获得的亲和中观察到的“意外”不对称性。我们在此指出，所观察到的不对称性源于RNA与DNA的不等价性，并且所报道的亲和力与由溶液中未标记核酸的解链实验获得的堆积自由能一致。因此，Naef和Magnasco的结论基于一个不合理的假设。
引用
@article{arxiv.q-bio/0607023,
title = {Comment on: ``Solving the riddle of the bright mismatches: Labeling and effective binding in oligonucleotide arrays"},
author = {E. Carlon and T. Heim and J. Klein Wolterink and G. T. Barkema},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0607023},
year = {2007}
}
备注
2 pages