微阵列上寡核苷酸探针的特异与非特异性杂交
生物大分子
2009-11-10 v2
摘要
通过微阵列进行基因表达分析基于mRNA与DNA寡核苷酸探针的序列特异性结合，并利用荧光标记测量。涉及非预期靶标其他序列的RNA片段结合是有问题的，因为它给信号增添了与靶基因表达程度无关的“化学背景”。本文给出了特异与非特异性杂交的分子特征，对基因表达分析具有潜在影响。我们分析了GeneChip微阵列的完全匹配（PM）和错配（MM）探针的信号强度，以明确特异与非特异性杂交的效应。我们发现，这些事件产生不同的PM与MM强度关系，作为PM中间碱基的函数：即特异性RNA片段结合时PM-MM对数强度差呈三联体样（C>G=T>A>0）模式，非特异性RNA片段结合时呈二联体样（C=T>0>G=A）模式。强度差的系统行为可在探针序列中部的DNA/RNA寡核苷酸双链碱基配对层面合理化。非特异性结合的特征是每对PM/MM探针的中心沃森-克里克（WC）配对反转，而特异性结合指PM和MM探针中分别为WC和自互补（SC）配对的组合。互补MM的强度引入了系统变异源，降低了基于MM强度的表达度量精度。
引用
@article{arxiv.q-bio/0410028,
title = {Specific and non specific hybridization of oligonucleotide probes on microarrays},
author = {Hans Binder and Stephan Preibisch},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0410028},
year = {2009}
}