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DNA 芯片的灵敏度、特异性及杂交等温线

软凝聚态物质 2009-11-10 v1 生物大分子

摘要

竞争性杂交发生在表面和体积上会降低 DNA 芯片的灵敏度。当不同靶标分子能够与同一探针杂交时发生竞争性表面杂交;当靶标分子能够与溶液中自由互补链杂交时发生竞争性体积杂交。竞争性杂交对 DNA 芯片在热力学可达性能方面的影响,以杂交等温线的数值方式加以量化。这些等温线将平衡杂交程度与体积组成联系起来。杂交等温线呈现为修正 Langmuir 等温线,用于考虑探针层内的静电相互作用。平衡状态下的灵敏度直接与等温线的斜率相关。可用 c50c_{50} 值更简洁地描述,即指体积组成中对应表面 50% 杂交的浓度。竞争性杂交对 DNA 芯片结果的定量分析具有重要意义,尤其在用于研究点突变时。

关键词

引用

@article{arxiv.cond-mat/0310415,
  title  = {Sensitivity, Specificity and the Hybridization Isotherms of DNA Chips},
  author = {A. Halperin and A. Buhot and E. B. Zhulina},
  journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0310415},
  year   = {2009}
}

备注

18 pages and 7 figures. To be published in Biophys. J