微阵列上完全匹配与错配寡核苷酸探针的碱基对相互作用与杂交等温线
生物大分子
2007-05-23 v2
摘要
微阵列实验中因非特异性杂交导致的特异性缺失，对微阵列数据分析提出严重问题，因为残余化学背景强度与目的基因的表达程度无关。我们利用结合平均杂交等温线与单碱基相关亲和项的微观结合模型，分析了完全匹配(PM)与错配(MM)探针信号强度的浓度依赖性。针对基因表达测量的灵敏度、特异性与分辨率，评估了PM与MM探针及其差值的信号强度。所提理论意味着需改进现有探针水平分析算法，以校正微阵列数据的非特异性背景强度。
引用
@article{arxiv.q-bio/0501008,
title = {Base pair interactions and hybridization isotherms of matched and mismatched oligonucleotide probes on microarrays},
author = {Hans Binder and Stephan Preibisch and Toralf Kirsten},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0501008},
year = {2007}
}
备注
32 pages, 12 figures, 3 tables