Affymetrix基因芯片中基因表达的定性评估

Affymetrix Genechip微阵列被广泛用于确定给定生物学范式下基因的同时表达。Genechip阵列上的探针是原子实体，按定义为随机分布于阵列之上，并进而调控基因表达。在本研究中，我们作出若干有趣的观察。我们表明阵列上探针强度间存在显著相关性，违背了独立性假设。尽管此类相关性背后的机制不明，我们表明标度行为以及完全匹配（PM）与错配（MM）探针的剖面相似，且不受背景扣除影响。我们认为所观察到的相关性可能是阵列中缺乏生物学意义的固有非平稳性或斑块性的结果。这通过检查来自三个真核基因组（即：黑腹果蝇、智人及小家鼠）的公开Genechip阵列所得PM与MM探针强度的标度行为与剖面得以证明，其跨越不同生物学范式与不同实验室，并含背景扣除与不含背景扣除。波动函数采用去趋势波动分析（DFA）以四阶多项式去趋势进行估计。本研究呈现的结果提供了对PM与MM探针强度相关性特征的新见解，并建议在分析之前选用DFA作为Affymetrix Genechip微阵列的定性评估工具。欲理解这些相关性的来源，尚需更详尽的调查。