使用 R/Bioconductor 对 Affymetrix Exon 1.0 ST 芯片进行可重复的探针级分析
应用统计
2013-02-19 v2 基因组学
定量方法
摘要
不同样本中基因的不同转录本可通过全转录组芯片进行分析。由于数据量庞大，且在实际分析前采用的预处理和过滤步骤种类繁多，复现已发表的芯片数据结果构成一项挑战。为确保方法学发展具有坚实基础，使新方法的结果能与先前结果进行比较，至关重要的是保证所有分析对其他研究者完全可重复。我们在此给出一个详细的工作流程，说明如何仅在 R/Bioconductor 环境中，基于易用性选择软件包，在探针和探针组级别对 GeneChip Human Exon 1.0 ST 芯片进行可重复分析。为示例该流程的应用，我们使用多种统计方法分析了一个公开数据集中的差异剪接和差异基因表达。我们相信，本研究将为其他研究者提供一种便捷途径，以访问不同注释级别的基因表达数据，并为其开发用于 GeneChip Human Exon 1.0 ST 芯片可重复分析的自主工具提供充足细节。
引用
@article{arxiv.1302.3790,
title = {Reproducible probe-level analysis of the Affymetrix Exon 1.0 ST array with R/Bioconductor},
author = {Maria Rodrigo-Domingo and Rasmus Waagepetersen and Julie Støve Bødker and Steffen Falgreen and Malene Krag Kjeldsen and Hans Erik Johnsen and Karen Dybkær and Martin Bøgsted},
journal= {arXiv preprint arXiv:1302.3790},
year = {2013}
}