Starr：Affymetrix ChIP-chip 数据的简易叠瓦阵列分析
定量方法
2009-10-20 v1 基因组学
摘要
染色质免疫沉淀与 DNA 微阵列结合（ChIP-chip）是一种用于检测 DNA-蛋白质结合或翻译后染色质/组蛋白修饰的分析方法。与所有高通量技术一样，它需要对数据进行彻底的生物信息学处理，而目前尚无标准流程。首要目标是可靠地识别和定位结合特定蛋白质的基因组区域。第二步包括比较功能相关蛋白质的结合谱，或比较同一蛋白质在不同遗传背景或环境条件下的结合谱。最终目标是获得对 DNA 结合事件影响基因表达的机制性理解。我们提供了一个免费、开源的 R 包 Starr，它与 Ringo 包结合使用，有助于跨实验和跨不同微阵列平台进行 ChIP-chip 数据的比较分析。其核心功能包括数据导入、质量评估、归一化和数据可视化，以及 ChIP 富集基因组区域的检测。使用通用的 Bioconductor 类确保了与其他 R 包的兼容性。最重要的是，Starr 提供了整合互补基因组学数据的方法，例如，它能够系统地研究基因表达与 DNA 结合之间的关系。
引用
@article{arxiv.0910.3572,
title = {Starr: Simple Tiling Array Analysis of Affymetrix ChIP-chip data},
author = {Benedikt Zacher and Achim Tresch},
journal= {arXiv preprint arXiv:0910.3572},
year = {2009}
}