ProtScan：RNA蛋白相互作用的建模与预测
生物大分子
2024-12-31 v1
摘要
CLIP-seq方法是有价值的技术，用于实验确定转录组范围的RNA结合蛋白结合位点。尽管不断改进此类技术（例如eCLIP），但结果受各种噪声的影响，取决于实验条件，如细胞系、组织、基因表达水平、应力条件等，这为RNA蛋白相互作用的体内建模提供了可能。本文我们提出了ProtScan，这是一个基于共识核化SGD回归的预测工具。ProtScan对CLIP-seq实验包含的信息进行去噪和泛化。它优于竞争状况最先进的方法，可用于在转录组规模上建模RNA蛋白相互作用。
引用
@article{arxiv.2412.20933,
title = {ProtScan: Modeling and Prediction of RNA-Protein Interactions},
author = {Gianluca Corrado and Michael Uhl and Rolf Backofen and Andrea Passerini and Fabrizio Costa},
journal= {arXiv preprint arXiv:2412.20933},
year = {2024}
}
备注
19 pages, 4 figures