PAR-CLIP 数据中发生替换的概率建模
定量方法
2015-04-08 v1
摘要
光激活核糖核苷增强交联与免疫沉淀（PAR-CLIP）是一种基于下一代测序的实验方法，用于识别给定蛋白质的 RNA 相互作用位点。该方法故意在 RNA-蛋白质相互作用位点插入 T 到 C 的替换，与其他 CLIP 方法相比提供了第二层证据。然而，该实验包含多种噪声源，会导致低频错误和虚假的高频改变。因此，需要严格的统计分析，以便将交联诱导的真实 T 到 C 碱基变化与噪声区分开来。迄今为止，大多数现有的 PAR-CLIP 数据分析方法侧重于丢弃低频错误，并依赖高频替换来报告结合位点，而未考虑高频假阳性替换的可能性。在此，我们引入了 BMix，这是一种新的概率方法，它明确考虑了 PAR-CLIP 数据中的噪声源，并能区分交联诱导的 T 到 C 替换与低频及高频的错误改变。我们在模拟数据和真实的公开人类数据集上证明了该方法相较于现有方法在速度和准确性上的优越性。该模型已在 Matlab 工具箱 BMix 中实现，可于 www.cbg.bsse.ethz.ch/software/BMix 免费获取。
引用
@article{arxiv.1504.01619,
title = {Probabilistic modeling of occurring substitutions in PAR-CLIP data},
author = {Monica Golumbeanu and Pejman Mohammadi and Niko Beerenwinkel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1504.01619},
year = {2015}
}
备注
The manuscript has been accepted for oral presentation at the Fifth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing (RECOMB-SEQ 2015)