PALM 中闪烁伪影的半参数点过程建模
应用统计
2021-10-26 v2 统计方法学
摘要
光活化定位显微镜(PALM)是一种用于表征生物细胞中蛋白质组织的强大成像技术。由于荧光探针的随机闪烁以及相机离散化效应,每个蛋白质会产生一团人工观测值。这些闪烁伪影是 PALM 数据定量分析的障碍,对其校正工具的需求很高。我们发展了独立闪烁簇点过程(IBCpp)模型族,其适用于单分子定位显微镜模态数据的建模,并给出了关于标记相关函数的结果。随后我们构建了 PALM-IBCpp——一种为 PALM 数据量身定制的半参数 IBCpp,并描述了参数估计流程,该流程可在不对蛋白质空间组织做参数假设的情况下使用。我们的模型在核孔复合体参考数据上得到验证,其中真实情况被准确恢复,并且我们展示了估计的闪烁参数如何用于对表达衔接蛋白 LAT 的细胞中进行蛋白质聚集的闪烁校正检验。最后,我们考虑了具有不同闪烁程度和蛋白质聚集程度的模拟,以阐明一系列实际设置下的预期性能。
引用
@article{arxiv.2101.12285,
title = {Semiparametric point process modeling of blinking artifacts in PALM},
author = {Louis G. Jensen and David J. Williamson and Ute Hahn},
journal= {arXiv preprint arXiv:2101.12285},
year = {2021}
}
备注
36 pages, 8 figures