差异剪接分析提示短期剪接调控的不同模式

Hande Topa; Antti Honkela

差异剪接分析提示短期剪接调控的不同模式

定量方法 2016-05-26 v1

作者: Hande Topa , Antti Honkela

摘要

动机：可变剪接是一种重要机制，其中前体mRNA的区域被差异连接以形成不同的转录本异构体。可变剪接参与正常生理功能的调节，但也与癌症等疾病的发生相关。我们使用RNA-seq时间序列在三种不同设定下分析差异表达和剪接：总体基因表达水平、绝对转录本表达水平和相对转录本表达水平。结果：使用雌激素受体 $\alpha$ 信号响应作为模型系统，我们基于高斯过程(GP)的检验识别出具有差异剪接和/或差异表达转录本的基因。我们发现一些基因的可变剪接发生一致变化而不依赖于绝对表达的变化，以及一些基因中某些转录本发生变化而另一些在绝对水平上保持恒定。结果提示了实验期间具有不同可变剪接调控模式的基因类别。可用性：实现该方法的R和Matlab代码可在 https://github.com/PROBIC/diffsplicing 获取。用于查看所有模型拟合的交互式浏览器可在 http://users.ics.aalto.fi/hande/splicingGP/ 获取。

关键词

可变剪接差异剪接 RNA-seq时间序列高斯过程雌激素受体α 转录本表达剪接调控

引用

@article{arxiv.1605.08001,
  title  = {Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation},
  author = {Hande Topa and Antti Honkela},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1605.08001},
  year   = {2016}
}

备注

20 pages, 5 figures. To be published in the conference proceedings of Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2016

差异剪接分析提示短期剪接调控的不同模式

摘要

关键词

引用

备注

相关论文