超螺旋调控基因的非平衡模型中的转录爆发
生物物理
2019-09-04 v1 统计力学
摘要
我们在一个随机非平衡模型中分析了转录爆发，该模型考虑了 DNA 超螺旋动力学与基因转录之间的耦合。我们发现，当转录起始与超螺旋耗散的时间尺度存在分离时，会出现明显的爆发式转录特征——后者可以是扩散性的，或由拓扑酶（如 I 型或 II 型拓扑异构酶）介导。在多基因 DNA 结构域中，我们观察到要么为爆发式转录，要么为转录波；可通过控制基因活性与取向来选择行为类型。在爆发相中，启动子处超螺旋涨落的统计显著偏离高斯分布。
引用
@article{arxiv.1904.11310,
title = {Transcriptional bursts in a non-equilibrium model for gene regulation by supercoiling},
author = {Marco Ancona and Alessandro Bentivoglio and Chris A. Brackley and Giuseppe Gonnella and Davide Marenduzzo},
journal= {arXiv preprint arXiv:1904.11310},
year = {2019}
}
备注
9 pages, 6 figure, 1 Supporting Material