超螺旋依赖性转录的随机模型
生物物理
2018-04-16 v3 生物大分子
亚细胞过程
摘要
我们提出了一个基因转录与 DNA 超螺旋耦合的随机模型，其中我们纳入了以下实验观察：聚合酶在解开 DNA 螺旋时会产生超螺旋，且这些酶更易结合到基因组解旋的区域。在该模型中，我们表明，当转录诱导的超螺旋通量增加时，会出现一个急剧的交叉转变：从扭转应力快速弛豫且基因转录随机的区域，转变到基因表达高度相关且受超螺旋严格调控的区域。在后一区域中，模型表现出转录突发、超螺旋波以及发散基因或双向基因的上调。它还预测了弛豫扭曲和绞拧的拓扑酶应提供一条下调转录的途径。本文已发表于《Physical Review Letters》，2016年5月。
引用
@article{arxiv.1606.06555,
title = {A stochastic model of supercoiling-dependent transcription},
author = {C. A. Brackley and J. Johnson and A. Bentivoglio and S. Corless and N. Gilbert and G. Gonnella and D. Marenduzzo},
journal= {arXiv preprint arXiv:1606.06555},
year = {2018}
}