图1理论遇见图2实验：基因表达研究中的对话
基因组学
2019-01-01 v1 分子网络
摘要
人们很容易相信我们现在已拥有了基因组。随心所欲地读取和重写它的能力开启了科学史上一个令人惊叹的时期。尽管如此，所有累积的基因组数据都暴露出一个阿喀琉斯之踵：我们仍不知如何解读它。许多基因受到复杂的转录调控程序支配，由含有转录因子结合位点的DNA序列介导，这些转录因子可根据环境条件上调或下调基因表达。这产生了描述表达水平如何依赖于受调控基因参数（例如，依赖于其调控序列中结合位点的数量与类型）的输入-输出函数。近年来，精确测量表达的能力与日益复杂的理论预测能力相结合，使得理论与实验之间的明确对话成为可能，有望覆盖这一基因组阿喀琉斯之踵。目标是达到对转录调控的预测性理解，从而能从DNA调控序列计算出基因表达水平。本综述聚焦于典型的简单阻遏基序，探问用于刻画它的模型实际运作得有多好。我们考虑了一系列日益复杂的实验层级，其中在某一层级学到的最小参数集被应用于下一层级的定量预测。我们表明，这些精细的定量剖析为理解所有生命领域中发现的远为复杂的调控排列提供了模板。
引用
@article{arxiv.1812.11627,
title = {Figure 1 Theory Meets Figure 2 Experiments in the Study of Gene Expression},
author = {Rob Phillips and Nathan M. Belliveau and Griffin Chure and Hernan G. Garcia and Manuel Razo-Mejia and Clarissa Scholes},
journal= {arXiv preprint arXiv:1812.11627},
year = {2019}
}
备注
55 pages, 27 figures, review article