随机校对机制缓解转录调控中的串扰
分子网络
2015-12-16 v1
摘要
基因表达主要由转录因子蛋白 (TFs) 与调控 DNA 序列之间的相互作用控制，这一过程可以通过调控的热力学模型很好地捕捉。然而，这些模型忽略了调控串扰：即非 cognate TFs 可能启动转录，从而对细胞产生潜在灾难性影响。在此，我们估计了串扰的重要性，提出其避免强烈约束了 TF 结合的平衡模型，并提出了一种替代的非平衡方案，该方案实施动力学校对以抑制错误启动。这一提议与观察到的转录装置的共价修饰一致，并预测基因表达中的噪声增加是特异性提高的代价。利用信息论，我们量化了这一权衡，以确定何时最优校对架构优于其平衡对应物。
引用
@article{arxiv.1504.05716,
title = {Stochastic proofreading mechanism alleviates crosstalk in transcriptional regulation},
author = {Sarah A Cepeda-Humerez and Georg Rieckh and Gašper Tkačik},
journal= {arXiv preprint arXiv:1504.05716},
year = {2015}
}
备注
5 pages, 3 figures