识别转录因子组合调控的新框架：酵母细胞周期的案例研究
定量方法
2010-10-07 v1 分子网络
摘要
通过整合异质功能基因组数据集，我们开发了一个用于检测基因表达组合调控的新框架，该框架包括使用奇异值分解方法估计转录因子活性，以及通过考虑基因簇的基因组特性来降维高维输入基因空间。协同基因调控的预测由高斯图模型或成对混合图模型完成。所提出的框架在酵母细胞周期数据集上进行了测试：(1) 包含9个细胞周期调控因子的54个已知酵母细胞周期基因，以及 (2) 包含9个细胞周期调控因子的676个推定酵母细胞周期基因。新框架在推断TF-TF和TF-基因相互作用方面给出了有希望的结果。它还揭示了几种有趣的机制，例如负相关的蛋白质-蛋白质相互作用和低亲和力蛋白质-DNA相互作用，这些机制在酵母细胞周期期间可能很重要。新框架可以很容易地推广到研究其他高等真核生物。
引用
@article{arxiv.1010.1100,
title = {A new framework for identifying combinatorial regulation of transcription factors: a case study of the yeast cell cycle},
author = {Junbai Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1010.1100},
year = {2010}
}
备注
55 pages 7 figures