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Stochastic gene transcription with non-competitive transcription regulatory architecture

分子网络 2022-05-27 v4 软凝聚态物质 统计力学 生物物理

摘要

转录因子,如激活子和阻遏子,可以以竞争性或非竞争性方式与基因的启动子相互作用。本文构建了一个具有非竞争性转录调控架构的随机模型,并发展了一种解析理论,该理论通过改进的数据拟合重新确立了实验结果。理论中的解析表达式使我们能够研究系统对应于其任何参数的性质,从而使我们能够找出控制该架构下基因表达调控的因素。我们注意到,除了转录再起始和阻遏子外,还有其他参数可以控制该网络的噪声水平。我们还观察到,Fano因子(在mRNA水平)从亚泊松区域变化到超泊松区域。除了上述特性外,我们在存在阻遏分子的较低激活子浓度下,观察到Fano因子(在mRNA水平)和蛋白质方差的某些异常特征。该模型有助于理解可能缓冲基因转录固有随机性的相互作用架构。

关键词

引用

@article{arxiv.2108.01620,
  title  = {Stochastic gene transcription with non-competitive transcription regulatory architecture},
  author = {Amit Kumar Das},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2108.01620},
  year   = {2022}
}

备注

The article is substantially modified with new paragraphs, equations,images and appendices, 29 pages, 63 figures, 2 tables