利用Fano因子确定某些类型的基因自调控
分子网络
2023-03-31 v2
摘要
一个基因的表达可能受其对应蛋白调控，称为自调控（autoregulation）。尽管基因调控是生物学的核心课题，自调控研究却少得多。一般而言，用直接生化方法确定自调控的存在极为困难。然而，一些论文观察到某些类型的自调控与基因表达中的噪声水平相关。我们通过关于离散状态连续时间马尔可夫链的两个命题推广了这些结果。这两个命题构成了一种简单而稳健的方法，可从基因表达数据推断某些场景下自调控的存在。该方法仅依赖于Fano因子，即基因表达水平的方差与均值之比。与其他推断自调控的方法相比，我们的方法仅需非干预一次性数据，且无需估计参数。此外，我们的方法对模型限制很少。我们将此方法应用于四组实验数据，发现了一些可能具有自调控的基因。部分推断的自调控已被实验或其他理论工作所验证。
引用
@article{arxiv.2301.06692,
title = {Using Fano factors to determine certain types of gene autoregulation},
author = {Yue Wang and Siqi He},
journal= {arXiv preprint arXiv:2301.06692},
year = {2023}
}