转录因子调控基因表达的随机模型
定量方法
2009-11-13 v2 统计力学
摘要
我们考虑一个转录因子(TF)调控基因表达的随机模型。该模型描述两个基因:基因A和基因B,分别合成TF和靶基因蛋白。我们通过解析计算表明,当平均TF水平落在剂量-反应曲线最敏感区域时,TF波动对靶基因蛋白水平的分布有显著影响。我们进一步研究了将基因A的拷贝数从两个减少到一个的影响。增强的TF波动产生与确定性情形不同的结果。在已知与TF和靶基因蛋白水平相关的概率密度函数的情况下,计算了靶基因蛋白水平超过阈值的概率。一个更详细的随机模型的数值模拟结果与通过解析计算获得的结果一致。指出了这些结果在单倍体不足遗传紊乱背景下的相关性。借助TF调控基因表达的随机模型,解释了关于肿瘤抑制基因Nkx3.1单倍体不足的一些实验观察。
引用
@article{arxiv.q-bio/0602006,
title = {Stochastic model of transcription factor-regulated gene expression},
author = {Rajesh Karmakar and Indrani Bose},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0602006},
year = {2009}
}
备注
17 pages, 11 figures. Accepted for publication in Physical Biology