剪接前导捕获揭示布氏锥虫高度动态转录组中广泛的可变剪接模式
基因组学
2021-08-30 v1 定量方法
摘要
将前导序列反式剪接至mRNA的5'端是原生动物、线虫及部分脊索动物中普遍存在的现象。利用并行测序，我们开发了一种同时绘制5'剪接位点并分析相应基因表达谱的方法，称之为剪接前导捕获（SLT）。该方法可应用于任何具有已测序基因组且存在保守前导序列反式剪接的生物。我们分析了寄生虫布氏锥虫（Trypanosoma brucei）血液型和昆虫型中的表达谱与剪接模式。我们检测到了85%已注释蛋白编码基因的5'剪接位点，并且与既往报道相反，发现多达40%的转录本存在差异表达。此外，我们发现了超过2500个可变剪接事件，其中许多似乎受发育阶段调控。基于我们的发现，我们假设可变剪接转录本提供了一种调控基因表达的新方式，并可能有助于该寄生虫的蛋白多样性。完整数据集可在TriTrypDB或通过 http://splicer.unibe.ch/ 在线获取。
引用
@article{arxiv.2108.12386,
title = {Spliced Leader Trapping Reveals Widespread Alternative Splicing Patterns in the Highly Dynamic Transcriptome of Trypanosoma brucei},
author = {Daniel Nilsson and Kapila Gunasekera and Jan Mani and Magne Osteras and Laurent Farinelli and Loic Baerlocher and Isabel Roditi and Torsten Ochsenreiter},
journal= {arXiv preprint arXiv:2108.12386},
year = {2021}
}
备注
13 pages, 8 figures