独立谱图的变点位置比较及其在基因注释中的应用
应用统计
2013-07-12 v1
摘要
我们关注来自不同环境细胞的转录本边界的比较。目标是评估这种现象（称为可变剪接）是否被用于响应压力因子而修改基因组的转录。我们通过比较每个谱图独立分割中的变点位置来解决这个问题，这些位置对应于一种生长条件下基因的 RNA-Seq 数据。这需要能够评估变点位置的不确定性，而 Rigaill 等人 (2011) 的工作为此提供了适当的框架。在他们的方法基础上，我们提出了两种变点比较方法，并在酵母物种的数据集上展示了我们的结果。我们发现 UTR 边界受可变剪接影响，而内含子边界在所有谱图中是保守的。我们的方法实现为一个名为 EBS 的 R 包，可在 CRAN 上获取。
引用
@article{arxiv.1307.3146,
title = {Comparing change-point locations of independent profiles with application to gene annotation},
author = {Alice Cleynen and Stéphane Robin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.3146},
year = {2013}
}