备选剪接泡沫中共享与不同外显部分

备选剪接创建复杂的剪接图中泡沫，其中超过两种转录路径竞争，挑战了针对简单二元事件设计的方法。我们提出了一种统一框架，通过直接从 reads 中观察到的不同外显部分来比较路径。我们为每个基因构建一个 GrASE 剪接图(有向无环图)，枚举泡沫，并对三种比较结构中的共享和不同外显部分进行量化。(i) 所有两两对比 (ii) 多项式 n 路比较 (iii) 路径的有效二分划分。对于 (iii)，我们引入下集二分划分，该方法通过枚举包含图中 downward-closed 集来尊重路径之间的子集关系，生成具有非空区分部分的有效两组划分。我们的检验统计量是映射到不同部分的 reads 比例相对于不同部分加共享部分的比例，使我们能够在不同样本之间进行差异化使用分析。应用于基因注释，该方法在检查更多泡沫方面优于先前工具，同时保持可计算性和可解释性。