利用转录网络将Affymetrix探针集映射到转录本组
分子网络
2012-01-16 v2
摘要
动机：从Affymetrix微阵列分析得出的有用性在很大程度上取决于描述探针集、基因和转录本之间对应关系的文件的可靠性。特别是，当一个基因被两个探针集靶向时，必须能够评估相应的信号是测量一组共同的转录本，还是两组几乎没有重叠的转录本。结果：在我们构建的转录网络中，有效靶向同一组转录本的探针集具有特定的性质。我们确实发现，这类探针集具有非常低的负相关性、高的正相关性以及相似的邻域。利用这些性质，我们设计了一个测试，允许在特定网络中对靶向同一组转录本的探针集进行分组。通过考虑多个网络，获得了关于这些关联频率的额外信息。可用性和实现：用Python（PSAWNpy）和Matlab（PSAWNml）开发的程序可免费获取，并可从http://code.google.com/p/arraymatic/下载。教程和参考手册可在http://bns.crbm.cnrs.fr/softwares.html获取。联系方式：[email protected]。补充信息：补充数据可在http://bns.crbm.cnrs.fr/download.html获取。
引用
@article{arxiv.1201.2033,
title = {Mapping of Affymetrix probe sets to groups of transcripts using transcriptional networks},
author = {Michel Bellis},
journal= {arXiv preprint arXiv:1201.2033},
year = {2012}
}
备注
8 pages, 4 figures, 4tables. Formated version. Submitted to Bioinformatics