一种考虑实验噪声和探针响应不确定性的微阵列实验新流程
定量方法
2015-06-15 v1
摘要
尽管微阵列是生物医学研究中的常规分析工具，但其输出仍带有噪声，通常需要实验验证。许多研究致力于优化探针设计和统计分析以解决这一问题，然而，对控制实验方法本身固有噪声的重视不足。为解决此问题，我们在此研究了一种控制此类实验方差的流程，并将其与探针性能评估相结合。使用两种定制芯片评估该流程：一种基于Affymetrix设计的25聚体探针，另一种基于Agilent设计的60聚体探针。为评估实验方差，所有探针重复十次。为评估探针性能，使用靶分子的稀释系列对探针进行校准，并将信号响应拟合至吸收模型。我们发现，通过对探针取平均并去除无响应探针，可以控制信号的显著方差。因此，使用我们的流程可以获得比传统方法更可靠的信号。我们建议，一旦芯片得到适当校准，信号的绝对定量将变得直接，从而无需归一化和参考杂交。
引用
@article{arxiv.1303.6380,
title = {A New Procedure for Microarray Experiments to Account for Experimental Noise and the Uncertainty of Probe Response},
author = {Alex E Pozhitkov and Peter A Noble and Jaroslaw Bryk and Diethard Tautz},
journal= {arXiv preprint arXiv:1303.6380},
year = {2015}
}
备注
16 pages, 8 figures