从基因共表达网络中提取具有个体关系的多样化基因群
分子网络
2021-12-07 v2
摘要
动机：基因共表达网络(GCN)中的模块可视为具有个体关系的基因群。目前尚无研究优化模块检测方法以从GCN中提取多样化基因群，尤其是来自临床标本的数据。结果：在此，我们优化了从转录组数据到基因模块的流程，旨在覆盖多样化的基因关系。我们发现非哺乳动物基准网络中关系的预测精度并不总适用于评估人类基因关系，因而采用了基于网络的指标。我们还提出了一种结合图嵌入与递归划分的模块检测方法，并确认了其在基因分组的生物学合理性方面稳定且高性能。利用所提取模块对若干已报道癌症的差异表达基因进行分析，成功补充了与既往报道一致的关系信息，证实了我们的框架的实用性。
引用
@article{arxiv.2112.01180,
title = {Extraction of diverse gene groups with individual relationship from gene co-expression networks},
author = {Iori Azuma and Tadahaya Mizuno and Hiroyuki Kusuhara},
journal= {arXiv preprint arXiv:2112.01180},
year = {2021}
}
备注
6 pages, 4 figures, correspondence: Tadahaya Mizuno ([email protected])