Jupyter 笔记本中可重复研究的十条简单规则
其他计算机科学
2018-10-19 v1 计算机与社会
摘要
计算研究的可重复性是科学方法的标志。它使研究人员能够自信地建立在他人方法与发现之上，重用并扩展计算流程，从而推动科学进步。由于许多实验研究依赖于计算分析，生物学家需要关于如何建立与记录可重复数据分析或模拟的指导。本文中我们探讨若干关于可重复性的问题。例如，可重复计算研究的技术与非技术障碍是什么？计算笔记本为克服其中一些障碍提供了哪些机遇与挑战？有哪些可用工具以及如何有效使用它们？我们制定了一套规则作为科学家的指南，特别关注计算笔记本系统，如已成为许多应用首选工具的 Jupyter 笔记本。笔记本将详细工作流与叙述性文本及结果可视化相结合。结合软件仓库与开源许可，笔记本是透明、协作、可重复且可重用数据分析的有力工具。
引用
@article{arxiv.1810.08055,
title = {Ten Simple Rules for Reproducible Research in Jupyter Notebooks},
author = {Adam Rule and Amanda Birmingham and Cristal Zuniga and Ilkay Altintas and Shih-Cheng Huang and Rob Knight and Niema Moshiri and Mai H. Nguyen and Sara Brin Rosenthal and Fernando Pérez and Peter W. Rose},
journal= {arXiv preprint arXiv:1810.08055},
year = {2018}
}