生物医学出版物中Jupyter笔记本的计算可复现性
计算工程、金融与科学
2022-09-12 v1
摘要
Jupyter笔记本允许将可执行代码与其文档和输出捆绑在一个交互式环境中，它们代表了一种流行的记录和共享计算工作流（包括研究出版物）的机制。在此，我们分析了来自生物医学文献库PubMed Central索引的1419篇出版物的1117个GitHub仓库中的9625个Jupyter笔记本的计算可复现性。其中8160个用Python编写，包括4169个在标准需求文件中声明了依赖项、我们尝试自动重新运行的笔记本。其中2684个成功安装了所有声明的依赖项，我们重新运行它们以评估可复现性。其中396个笔记本无任何错误运行完成，包括245个产生与原始报告相同的结果。运行其他笔记本导致了异常。我们深入分析了常见问题和实践，突出趋势并讨论与生物医学出版物相关的Jupyter工作流的潜在改进。
引用
@article{arxiv.2209.04308,
title = {Computational reproducibility of Jupyter notebooks from biomedical publications},
author = {Sheeba Samuel and Daniel Mietchen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2209.04308},
year = {2022}
}