提升系统生物学中机制建模可重复性的实用资源
定量方法
2021-04-13 v1 细胞行为
分子网络
摘要
尽管可重复性是科学方法的核心原则，许多结果仍难以复现。令人惊讶的是，在系统生物学等已开展广泛标准化工作的领域，计算结果的这一状况同样存在。例如，Tiwari 等人最近发现，他们仅能重复系统生物学中已发表模拟结果的 50%。为改进计算系统研究的可重复性，我们确定了若干资源，研究者可利用其使研究更易被他人获取、执行和理解。具体而言，我们确定了若干领域标准与策展服务，以及由软件工程行业开创的、我们认为许多研究者可采用的有力方法。总之，我们相信这些方法能大幅增强系统生物学研究的可重复性。进而，我们相信增强的可重复性将加速更精细模型的发展，以指导精准医学与合成生物学。
引用
@article{arxiv.2104.04604,
title = {Practical Resources for Enhancing the Reproducibility of Mechanistic Modeling in Systems Biology},
author = {Michael L. Blinov and John H. Gennari and Jonathan R. Karr and Ion I. Moraru and David P. Nickerson and Herbert M. Sauro},
journal= {arXiv preprint arXiv:2104.04604},
year = {2021}
}
备注
11 pages, 1 figure