前瞻而非回顾：推进现代生物学研究可重复性的一种理念
其他定量生物学
2022-10-07 v1 数字图书馆
摘要
计算在现代科学研究中的普遍应用给可重复性带来了新的挑战。尽管大多数期刊现在要求提供代码和数据，但组织、标注和验证的标准仍然宽松，使得数据和代码往往难以解读或实际使用。我认为这是由于代码和数据的文档化、整理与验证仅以回顾方式完成。在这篇论文中，我反思了应对这些挑战的经验，并提出了一种在现代生物学研究中优先考虑可重复性的理念，其中计算分析与湿实验的平衡十分常见。科学工作流中使用的现代工具（如 GitHub 仓库）非常契合这一理念，即可重复性始于项目启动而非完成。为此，我提出并提供了一个与编程语言无关的模板架构，可立即复制并定制用于您的下一篇论文，无论您的实验室工作是湿实验、干实验还是介于两者之间。
引用
@article{arxiv.2210.02593,
title = {Be Prospective, Not Retrospective: A Philosophy for Advancing Reproducibility in Modern Biological Research},
author = {Griffin Chure},
journal= {arXiv preprint arXiv:2210.02593},
year = {2022}
}