解开明亮错配之谜：寡核苷酸阵列中的杂交
生物物理
2009-11-07 v1 q-bio
摘要
HDONA技术基于两个理念。首先，利用高亲和力（完全匹配，PM）和低亲和力（错配，MM）探针之间的差异来最小化交叉杂交。其次，组合沿转录本的多个短探针，引入冗余。这两个理念在实践中都出现了问题：MM通常比PM更亮，并且由于它们的亮度常常跨越几个数量级，因此很难组合这些探针对。先前的分析表明这些问题与序列相关；探针序列的公开使我们能够对此问题进行深入研究。我们的结果表明，荧光标记核苷酸会干扰mRNA结合，造成一个“第22条军规”式的困境，因为要检测到目标mRNA，它必须既能发光又能粘附到其探针上：没有标记，即使结合了也无法被看到，而标记过多则无法结合。我们表明，这种冲突导致了HDONA原始数据的大部分复杂性，这表明为了完善微阵列分析，必须通过结合序列信息来准确理解杂交的物理过程。
引用
@article{arxiv.physics/0208095,
title = {Solving the riddle of the bright mismatches: hybridization in oligonucleotide arrays},
author = {Felix Naef and Marcelo O. Magnasco},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0208095},
year = {2009}
}
备注
4 figures