一种用于纳米通道光学DNA图谱的快速可扩展波谱对齐算法
定量方法
2015-01-21 v2
摘要
通过直接可视化在纳米通道中拉伸并带有序列特异性荧光标记的单个DNA分子，光学图谱技术为疾病诊断和基因组学提供了一种有前景的工具。该技术面临的一个重要挑战是DNA在成像过程中的热运动；这会模糊沿DNA的荧光图案并导致信息丢失。校正这种效应（这一过程被称为波谱对齐）是纳米通道光学图谱工作流程中常见的预处理步骤，我们在此提出一种通过模式识别实现此目的的高效算法。我们将我们的方法与之前的一种方法进行了比较，发现我们的方法在速度上快了几个数量级，同时产生的数据质量相似。我们在由熔解图谱噬菌体DNA组成的实验数据上证明了我们方法的原理验证。
引用
@article{arxiv.1311.6379,
title = {A fast and scalable kymograph alignment algorithm for nanochannel-based optical DNA mappings},
author = {Charleston Noble and Adam N. Nilsson and Camilla Freitag and Jason P. Beech and Jonas O. Tegenfeldt and Tobias Ambjörnsson},
journal= {arXiv preprint arXiv:1311.6379},
year = {2015}
}
备注
22 pages, 12 figures