理解寡核苷酸微阵列的物理机制：重新分析 Affymetrix 加标数据
定量方法
2009-11-13 v2 生物大分子
摘要
我们重新分析了 Affymetrix U95 和 U133 拉丁方加标数据集，以及一个来自不含复杂非特异性背景的 U95 加标实验版本的数据集。该方法采用了一种物理化学模型，其中包括微阵列表面的特异性和非特异性杂交及探针折叠、体相 RNA 靶标溶液中的靶标折叠和杂交，以及杂交后洗涤阶段的双链解离效应。该模型预测了一个三参数双曲线响应函数，该函数与所有三个数据集的荧光强度数据拟合良好。我们考察了各种杂交和洗涤效应在确定这三个参数中的重要性，并就如何开发用于确定特异性靶标浓度的实用算法提供了一些指导。
引用
@article{arxiv.0712.0883,
title = {Understanding the physics of oligonucleotide microarrays: the Affymetrix spike-in data reanalysed},
author = {C. J. Burden},
journal= {arXiv preprint arXiv:0712.0883},
year = {2009}
}
备注
32 pages, 13 figures, minor amendments