计算单链核酸配分函数的一种新形式体系
生物大分子
2007-05-23 v1
摘要
本文提出了一种计算单链核酸配分函数的新形式体系。所采用的分辨率层级为二级结构及结构单元的拓扑。该折叠模型处理匹配、错配、对称与非对称内环、环区与悬垂端的堆积碱基对、多分支环、 bulge 以及可能存在于双链末端或螺旋末端的单碱基堆积。对短序列与长序列的计算表明:对于短寡核苷酸,双链形成常表现为两态转变;然而对于较长寡核苷酸,单链自折叠转变的热力学性质会影响双链形成的转变性质,导致溶液中出现中间发夹态群体。当短寡核苷酸(分子信标)需可靠识别并杂交到靶标 mRNA 序列中的可及核苷酸时,分析了中间发夹态的作用。结果表明,分子信标增强的特异性源于其受限的构象柔性以及向靶序列杂交的全有或全无机制。
引用
@article{arxiv.q-bio/0510011,
title = {A new formalism for calculation of the partition function of single stranded nucleic acids},
author = {Roumen A. Dimitrov},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0510011},
year = {2007}
}