包含伪结的RNA二级结构共转录动力学折叠
生物大分子
2021-04-28 v5
摘要
RNA结构的计算预测是计算结构生物学中的一个重要问题。RNA结构形成的研究常假设过程始于完全合成的序列。然而，实验证据表明RNA在其延伸过程中同时折叠。我们研究了考虑共转录效应的RNA二级结构形成，包括伪结。我们提出了一种单核苷酸分辨率的RNA分子折叠过程动力学模型，其中聚合酶驱动RNA链延伸一个新生核苷酸被作为基本操作纳入，并配以在该转录合成过程中同步实现折叠的随机模拟方法。数值案例研究表明，我们的共转录RNA折叠模型能够预测在实际生物系统中受青睐的构象形成。因此，这一新计算工具可提供定量预测，并对RNA折叠动力学给出有益见解。
引用
@article{arxiv.2007.05228,
title = {Cotranscriptional kinetic folding of RNA secondary structures including pseudoknots},
author = {Vo Hong Thanh and Dani Korpela and Pekka Orponen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2007.05228},
year = {2021}
}
备注
20 pages, 15 figures