基于蒙特卡洛模拟的RNA假结预测
生物大分子
2007-05-23 v1 软凝聚态物质
摘要
本文考虑带假结的RNA折叠问题。我们使用一种图形表示，其中二级结构由平面图示描述。假结被识别为非平面图示。我们分析了RNA结构的非平面拓扑，并提出了依据RNA结构可嵌入曲面的最小亏格对RNA假结进行分类的方法。该分类为处理含假结的RNA折叠预测问题提供了简单而自然的方式。基于此思路，我们描述了一种用于预测RNA分子中假结的蒙特卡洛算法。
引用
@article{arxiv.q-bio/0405014,
title = {Prediction of RNA pseudoknots by Monte Carlo simulations},
author = {G. Vernizzi and H. Orland and A. Zee},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0405014},
year = {2007}
}
备注
22 pages, 14 figures