基于双图模型的RNA伪结与无伪结区域划分
定量方法
2016-01-19 v1 生物大分子
摘要
对偶图已被应用于建模RNA二级结构。本文的目的有二：我们提出对偶图的新图论性质，以验证使用这些拓扑表示对RNA进行进一步分析和分类；我们还提出一种线性时间算法，将对偶图划分为称为{\it 块}的拓扑分量，并确定每个块是否包含{\it 伪结}。我们证明一个块包含伪结当且仅当该块具有度数 或更大的顶点；这一表征使我们能够高效分离较小的RNA片段并将其分类为含伪结或无伪结区域，同时保持这些子结构完整。尽管检测并分类伪结的非拓扑技术已被高效应用，对偶图的结构性质为RNA的进一步分析提供了独特视角。由于具有完整伪结的模块化构建块可组合形成新构造，可以预见其在RNA设计中的应用。
引用
@article{arxiv.1601.04259,
title = {Partitioning RNAs into pseudonotted and pseudoknot-free regions modeled as Dual Graphs},
author = {Louis Petingi and Tamar Schlick},
journal= {arXiv preprint arXiv:1601.04259},
year = {2016}
}
备注
21 pages, 9 figures. File must be compile again to make sure all references are displayed