单价与二价离子溶液中 RNA 假结的 3D 结构及稳定性预测
生物物理
2019-05-21 v1 软凝聚态物质
化学物理
生物大分子
摘要
RNA 假结是一类最小的 RNA 三级结构基序，其三维（3D）结构与稳定性在多种生物学功能中起着关键作用。因此，预测 RNA 假结的 3D 结构与稳定性对于理解其功能至关重要。在这项工作中，我们采用先前开发的带隐式盐的粗粒化模型，对单价/二价离子溶液中 RNA 假结的 3D 结构与稳定性进行了广泛的预测与综合分析。与现有实验数据的比较表明，我们的模型能够从其序列成功预测 RNA 假结的 3D 结构，并能在较宽范围的单价/二价离子浓度下对不同长度和序列的 RNA 假结稳定性做出可靠预测。此外，我们对多种 RNA 假结在离子溶液中的去折叠路径进行了综合分析。我们对大量假结及宽范围单价/二价离子浓度的分析证实，RNA 假结的去折叠路径主要取决于去折叠中间态的相对稳定性，并表明 RNA 假结的去折叠路径可因其序列与溶液离子条件而被显著调控。
引用
@article{arxiv.1905.07680,
title = {Predicting 3D structure and stability of RNA pseudoknots in monovalent and divalent ion solutions},
author = {Ya-Zhou Shi and Lei Jin and Chen-Jie Feng and Ya-Lan Tan and Zhi-Jie Tan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1905.07680},
year = {2019}
}
备注
23 pages, 8 figures