CoFold：具有动力学特性的热力学 RNA 结构预测
生物大分子
2012-07-26 v1 定量方法
摘要
现有的最先进方法仅输入单个 RNA 序列并预测相应的 RNA 二级结构，这些均为热力学方法。它们预测最稳定的 RNA 结构，但未考虑结构形成过程。然而，我们目前拥有充足的实验和理论证据表明，序列在体内是在转录过程中折叠的，且结构形成过程至关重要。我们在此提出了一种概念上全新的 RNA 二级结构预测方法，称为 CoFold，该方法结合了热力学与动力学考量。我们的方法在预测准确性方面显著提升了现有技术水平，特别是对于长度超过一千个核苷酸的长序列（如核糖体 RNA）。
引用
@article{arxiv.1207.6013,
title = {CoFold: thermodynamic RNA structure prediction with a kinetic twist},
author = {Jeff R. Proctor and Irmtraud M. Meyer},
journal= {arXiv preprint arXiv:1207.6013},
year = {2012}
}
备注
30 pages (11 figures)