一种用于 RNA 动力学折叠的复杂适应系统方法
生物大分子
2007-05-23 v2 适应与自组织系统
摘要
RNA 序列折叠为二级结构的过程被建模为一个复杂适应系统，其组分为可能的 RNA 结构重排（SRs）及其相关的碱基和碱基对。RNA 碱基和碱基对参与局部堆积相互作用，这些相互作用决定了可能 SRs 的概率（或适应度）。同时，选择作用于 SRs 层面；一个自主随机过程周期性地（即从一个时间步到下一个时间步）基于 SRs 的适应度选择一部分可能 SRs 来实现。使用基于选定天然和合成 RNA 的示例，该模型被证明能定性地重现特征性（非线性）RNA 折叠动力学，例如 RNA 达到替代稳定态。讨论了该模型在适应度景观性质分析以及 RNA 序列到结构映射分析中的可能应用。
引用
@article{arxiv.q-bio/0507039,
title = {A complex adaptive systems approach to the kinetic folding of RNA},
author = {Wilfred Ndifon},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0507039},
year = {2007}
}
备注
23 pages, 4 figures, 2 tables, to be published in BioSystems (Note: updated 2 references)