一种接触-等待时间度量与RNA折叠速率
生物大分子
2009-08-17 v1 基因组学
定量方法
摘要
间接预测RNA序列折叠速率的度量指标具有重要意义。本文介绍了一种简单的RNA结构复杂性度量，该度量考虑了RNA碱基接触对RNA结构形成能量贡献的差异。我们将该度量应用于先前通过实验测定折叠速率的RNA序列。结果发现，该度量与这些RNA序列的对数变换折叠速率具有良好的相关性（相关系数：-0.95，p << 0.01）。这表明该度量可用于预测RNA折叠速率。我们利用该度量预测了细菌和真核生物II型内含子的折叠速率。该度量未来的应用（例如，预测结构RNA）可能富有成效。
引用
@article{arxiv.0908.2025,
title = {A contact-waiting-time metric and RNA folding rates},
author = {Asamoah Nkwanta and Wilfred Ndifon},
journal= {arXiv preprint arXiv:0908.2025},
year = {2009}
}
备注
15 pages, 1 figure, 3 tables, matlab code. Published in FEBS Letters (June '09)